第一次是在洪武十三年,朱瞻基认为孙若微不能胜任内阁首辅的职位。
第二次是因为孙若微和朱高煦之间有嫌隙,被朱瞻基认定为对自己的皇权产生威胁。
第三次则是发生在建文元年,当时朱棣正准备起兵靖难,但是在朝廷中却有人想要拥立朱高炽继承大统,这让朱瞻基非常恼怒,于是他借着平反周王、齐王谋逆案件的机会将此事公诸于众,并且宣布孙若微的罪名,最终使得孙若微丢掉了性命。而到了永乐七年,也就是朱瞻基去世前一年,他又下令剥夺了孙若微的爵位,并且将其家属全部流放边疆。